by La nouvelle variante SARS-CoV-2 20A.EU1 s’est largement répandue dans toute l’Europe. Visualisation des numéros de séquence (diamètre des cercles), codés couleur par pays. En bas à droite: L ‘«arbre généalogique» des séquences de la nouvelle variante (code couleur par pays) indique que 20A.EU1 a voyagé plusieurs fois entre les pays. (Visualisation: Nextstrain, Mapbox, OpenStreetMap)https://www.unibas.ch/en/News-Events/News/Uni-Research/Spread-of-a-novel-SARS-CoV-2-variant-across-Europe-in-summer-2020.htmlFréquence de la variante 20A.EU1 du Sars-CoV-2 dans les différents pays européens. La taille des ronds indique le nombre de séquences identifiées. © Emma Hodcroft et al, MedXriv, 2020
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Avant-propos:
Une nouvelle variante SARS-CoV-2 serait à l’origine de la 2ème vague qui revoie une grande partie de l’humanité à la maison. Cette information m’interpelle, et j’en appelle aux scientifiques qui visitent ce site pour nous éclairer sur diverses questions que je me pose:
- Comment peut-on parler de 2ème vague alors que le virus a muté? J’aurais tendance à penser que c’est une nouvelle épidémie.
- Comment fait-on pour mesurer avec le même test PCR les 2 variantes simultanément? N’aurait-il pas fallu développer un nouveau test?
- Si le virus a muté, comment le vaccin développé au printemps peut-il répondre à un nouveau variant?
Désolée je n’ai pas de réponses, mais poser des questions peut aider à clarifier l’équation qui pourrait déboucher sur une meilleure vision du puzzle qui semble de moins en moins chinois, et de plus en en plus ibérique. Voici les infos qui me permettent d’affirmer ce qui précède.
Des chercheurs de l’Université de Barcelone ont trouvé des traces du virus dans des échantillons d’eaux usées non traitées qui datent du 12 mars 2019. »
https://theconversation.com/le-coronavirus-etait-il-en-europe-en-mars-2019-141754
https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.06.13.20129627v1
La nouvelle variante est elle aussi espagnole. Cette fois on en est sûr, et on le dit. Du coup,nous pourrions être avec 2 variantes dont la généalogie nous ramène en Espagne.
Et si les spécialistes faisaient une enquête pour savoir ce qui se passe là-bas? Souvenez-vous que nous avions récemment 2 spécialistes de premier plan qui nous disaient qu’il était concevable que la souche de printemps de ce virus était plus le fait d’un bricolage de laboratoire que de mutation naturelle. Mais alors qu’en est-il de la 2ème variante?
LHK
Annexe OGM sous autorisation dès 2000
Diffusion d’un nouveau varaint SARS-CoV-2 à travers l’Europe durant l’été 2020. Université de Bâle
Des chercheurs de Bâle et d’Espagne ont identifié une nouvelle variante du SRAS-CoV-2 qui s’est largement répandue à travers l’Europe ces derniers mois, selon un pré-imprimé non évalué par des pairs publié cette semaine. Bien qu’il n’y ait aucune preuve que cette variante soit plus dangereuse, sa propagation peut donner un aperçu de l’efficacité des politiques de voyage adoptées par les pays européens pendant l’été.
Rien qu’en Europe, des centaines de variantes différentes du nouveau coronavirus SARS-CoV-2 circulent actuellement, se distinguant par des mutations dans leurs génomes. Cependant, très peu de ces variantes se sont propagées avec autant de succès et sont devenues aussi répandues que la variante nouvellement identifiée, nommée 20A.EU1.
Les chercheurs de l’Université de Bâle, de l’ETH Zürich à Bâle et du consortium SeqCOVID-Espagne ont analysé et comparé les séquences du génome viral collectées chez des patients Covid-19 dans toute l’Europe pour retracer l’évolution et la propagation du pathogène (voir encadré). Leur analyse suggère que la variante s’est formée en Espagne durant l’été. La première preuve de la nouvelle variante est liée à un événement de grande diffusion parmi les travailleurs agricoles du nord-est de l’Espagne. La variante s’est installée dans la population locale, se développant rapidement à travers le pays et représente désormais près de 80% des séquences en provenance d’Espagne.
«Il est important de noter qu’il n’y a actuellement aucune preuve que la propagation de la nouvelle variante est due à une mutation qui augmente la transmission ou impacte les résultats cliniques», souligne le Dr Emma Hodcroft de l’Université de Bâle, auteur principal de l’étude. Les chercheurs pensent que l’expansion de la variante a été facilitée par l’assouplissement des restrictions de voyage et des mesures de distanciation sociale en été.“
Modèle similaire au printemps en Espagne
«Nous voyons un schéma similaire avec cette variante en Espagne comme nous l’avions fait au printemps», conseille le professeur Iñaki Comas, co-auteur de l’article et responsable du consortium SeqCOVID-Espagne. «Une variante, aidée par un premier événement super-propagateur, peut rapidement devenir répandue dans tout le pays.»
À partir de juillet 20A.EU1 a déménagé avec des voyageurs alors que les frontières s’ouvraient à travers l’Europe et a maintenant été identifiée dans douze pays européens. Il a également été transmis d’Europe à Hong Kong et en Nouvelle-Zélande. Alors que les introductions initiales de la variante provenaient probablement directement d’Espagne, la variante a peut-être continué à se répandre à partir des pays secondaires.
Actuellement, 20A.EU1 représente 90% des séquences présentes au Royaume-Uni, 60% des séquences d’Irlande et entre 30 et 40% des séquences en Suisse et aux Pays-Bas. Cela fait de cette variante actuellement l’une des plus répandues en Europe. Il a également été identifié en France, Belgique, Allemagne, Italie, Lettonie, Norvège et Suède.
Le voyage a facilité la propagation
L’analyse génétique indique que la variante a voyagé au moins des dizaines et peut-être des centaines de fois entre les pays européens. «Nous pouvons voir que le virus a été introduit plusieurs fois dans plusieurs pays et beaucoup de ces introductions ont continué à se propager dans la population», déclare le professeur Tanja Stadler de l’ETH Zürich, l’un des principaux chercheurs de l’étude, «ce n’est pas un cas où une seule introduction suffit. »
Bien que l’augmentation de la prévalence de 20A.EU1 corresponde au nombre croissant de cas observés dans de nombreux pays européens cet automne, les auteurs de l’étude mettent en garde contre l’interprétation de la nouvelle variante comme une cause de l’augmentation des cas. «Ce n’est pas la seule variante qui a circulé ces dernières semaines et mois», déclare le professeur Richard Neher de l’Université de Bâle, l’un des principaux chercheurs de l’étude. «En effet, dans certains pays avec une augmentation significative des cas de Covid-19, comme la Belgique et la France, d’autres variantes sont répandues.»
L’analyse de la prévalence estivale du SRAS-CoV-2 en Espagne et les données sur les voyages montrent que ces facteurs peuvent expliquer comment 20A.EU1 s’est propagé avec tant de succès. Le nombre relativement élevé de cas et la popularité de l’Espagne en tant que destination de vacances ont peut-être permis de multiples possibilités d’introduction, dont certaines peuvent se transformer en flambées plus importantes en raison de comportements à risque après le retour chez eux.
Les auteurs de l’étude soulignent l’importance d’évaluer comment les contrôles aux frontières et les restrictions de voyage ont fonctionné pour contenir les transmissions de SRAS-CoV-2 au cours de l’été, et le rôle que les voyages ont joué. «Les fermetures de frontières à long terme et les restrictions de voyage sévères ne sont ni faisables ni souhaitables», explique Hodcroft, «mais à partir de la propagation de 20A.EU1, il semble clair que les mesures en place n’étaient souvent pas suffisantes pour arrêter la transmission des variantes introduites. été. Lorsque les pays ont travaillé dur pour réduire les cas de SRAS-CoV-2 à de faibles nombres, il est essentiel d’identifier de meilleurs moyens de «s’ouvrir» sans risquer une augmentation des cas.
Évaluation du phénotype du nouveau variant
La nouvelle variante a été identifiée pour la première fois par Hodcroft lors d’une analyse de séquences suisses à l’aide de la plate-forme «Nextstrain», développée conjointement par l’Université de Bâle et le centre de recherche sur le cancer Fred Hutchinson à Seattle, Washington. 20A.EU1 est caractérisé par des mutations qui modifient les acides aminés dans les protéines de pointe, de nucléocapside et ORF14 du virus.
Bien que l’état actuel des connaissances n’indique pas que la propagation de 20A.EU1 était due à un changement de transmissibilité, les auteurs travaillent actuellement avec des laboratoires de virologie pour examiner tout impact potentiel que la mutation de pointe, connue sous le nom de S: A222V, pourrait avoir sur le SRAS- Phénotype du virus CoV-2. Ils espèrent également avoir prochainement accès à des données qui leur permettraient d’évaluer les implications cliniques de la variante.
En outre, les auteurs de l’étude soulignent l’importance de suivre de près la montée de nouvelles variantes comme 20A.EU1: «Ce n’est qu’en séquençant le génome viral que nous pouvons identifier de nouvelles variantes du SRAS-CoV-2 lorsqu’elles surviennent et surveiller leur propagation dans et entre les pays », ajoute Neher,« mais le nombre de séquences que nous avons varie considérablement d’un pays à l’autre, et nous pourrions être en mesure d’identifier les variantes montantes plus tôt grâce à des efforts de séquençage plus rapides et plus réguliers à travers l’Europe.
Nextstrain et SeqCOVID-Espagne
La plate-forme «Nextstrain» a été lancée en 2015 dans le but de permettre le suivi en temps réel des agents pathogènes via un séquençage génétique et dans l’espoir d’aider à prévoir la propagation future des virus. Nextstrain tire parti des petites erreurs commises par les virus lors de leur réplication: la plate-forme crée un «arbre généalogique» qui montre comment différents échantillons sont liés. Cela permet aux scientifiques de suivre la propagation des virus dans le monde et dans le temps. Nextstrain a été appliqué à de nombreux agents pathogènes, y compris ceux qui causent la grippe, le Zika, le virus Ebola, la tuberculose et, bien sûr, le Covid-19. Le laboratoire Neher de l’Université de Bâle gère actuellement les analyses Nextstrain des séquences SARS-CoV-2 pour la plupart des pays d’Europe ainsi qu’une analyse dédiée pour la Suisse.
Le consortium SeqCOVID-Espagne vise à comprendre les modes de transmission du SRAS-CoV-2 en Espagne et en relation avec le reste du monde. Il est contribué par plus de 30 institutions cliniques pour obtenir une représentation nationale de la diversité virale.
Original publication
Emma B. Hodcroft, Moira Zuber, Sarah Nadeau, Iñaki Comas, Fernando Gonzalez Candelas, SeqCOVID-SPAIN consortium, Tanja Stadler and Richard A. Neher
Spread of a SARS-CoV-2 variant through Europe in summer 2020
medRxiv (2020), DOI: 10.1101/2020.10.25.20219063